1、子宫内膜种植学说。多于经期护理不当有关，如经期过度性生活，以及过量劳动导致经血逆流至子宫腔所致，经期时经血中所含内膜腺上皮和间质细胞可随经血逆流，经输卵管进入腹腔，种植于卵巢和邻近的盆腔腹膜，故目前内膜种植学说己为人们所公认，但无法解释盆腔外的子宫内膜异位症，也是子宫内膜异位的发病机理。

2、淋巴及静脉播散学说，主要是因在镜下发现盆腔中淋巴中有子宫内膜组织，有学者在盆腔静脉中也发现有子宫内膜组织并认为远离盆腔部位的器官如肺，手或大腿的皮肤和肌肉发生的子宫内膜异位症可能是通过淋巴或静脉播散的结果。

3、与免疫力有关，多因女性在经期体质较弱，免疫力较低进而导致经血逆流至腹腔，诱发一系列的自身免疫性疾病，多数患者表现有明显的腹痛。

4、体腔上皮化生学说，多数认为是在卵巢组织表面的皮肤在胚胎期具有分化作用，导致体腔上皮分化所致。