异位子宫内膜可出现在身体不同部位，但绝大多数位于盆腔内，其中盆腔腹膜内异症约占75%；卵巢受累达半数以上，两侧卵巢同时波及者约50%；约7%～37%累及肠管；16% 累及泌尿系。盆腔外内异症常见于剖宫产和侧切手术的瘢痕处，罕见于脐、肺、肌肉骨骼、胃、肝脏、眼和脑等处。郎景和将内异症可分为腹膜型、卵巢型、深部浸润型和其他部位型四个类型[4]。日本学者根据内异症病灶形态，在腹腔镜下可分为无色素性病灶，含色素性病灶和继发性病变等。无色素性病灶包括透明小水泡、浆液性囊泡和表面隆起等。含色素性病灶包括紫蓝色结节、血性囊泡、散在煤渣样灶、含铁血红素着色、点状出血斑、浆膜下出血等。

显微镜下检查早期子宫内膜异位病灶，在病灶中可见到子宫内膜上皮、内膜腺体或腺样结构、内膜间质及出血。有时临床表现典型，但内异症的组织病理特征极少，镜检时能找到少量内膜间质细胞即可确诊。异位子宫内膜可出现不典型增生，少数发生恶变，多为卵巢子宫内膜样癌或透明细胞癌。

子宫内膜异位症引起的不孕是错综复杂的，它不可能是某一个单一原因造成的，而是多个机制叠加作用的结果，并随着个体差异的不同，表现出作用机制的不同。总的来说，EM的不孕程度与其疾病的严重性有一定的相关性。而助孕技术在EM患者中的成功率显著低于患有输卵管疾病的妇女，而且重度EM患者的预后明显不如轻度患者。

由于很多原因，子宫内膜异位症的疼痛机制还很难确定。不过，目前认为有三大机制：

1、腹腔中炎症因子的作用；

2、异位种植病灶出血的直接或间接影响；

3、盆底神经的受累或侵润。