1、疼痛：70%～80%的内异症患者均有不同程度的盆腔疼痛，与病变程度不完全平行，包括痛经（典型者为继发性痛经，并渐进性加重）、非经期腹痛（慢性盆腔痛，chronic pelvic pain，CPP）、性交痛以及排便痛等；卵巢内异症囊肿破裂可引起急性腹痛。
2、不孕：约50%的内异症患者合并不孕。
3、月经异常。
4、盆腔包块。特殊部位的内异症则表现为各种症状并常伴有周期性变化，也可合并盆腔内异症的临床表现：
（1）消化道内异症：大便次数增多或便秘、便血、排便痛等。
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（2）泌尿道内异症：尿频、尿痛、血尿及腰痛，甚至造成泌尿系统梗阻及肾功能障碍。
（3）呼吸道内异症：经期咯血及气胸。
（4）瘢痕内异症：剖宫产等手术后腹壁切口瘢痕处结节，经期增大，疼痛加重；会阴切口或切口瘢痕结节，经期增大，疼痛加重。
