男人小便发黄有腥臭味的原因如下：一、尿路感染。尿液当中会含有较多细菌代谢产物以及脓液，就会表现出腥臭气味，同时还会伴随排尿疼痛、尿频、尿急等表现，进行尿常规以及尿培养等检查，可确诊；二、如果男性在日常不注意生殖器清洁就会使包皮垢增多，表现出腥臭气味，在小便时，污垢会和尿液相混合就会表现出腥臭气味；三、如果男性有不良的性接触时，表现出淋菌性尿道炎，尿道内就会表现出黄色脓性分泌物，并伴随脓臭味。