第一点、与附件炎相鉴别。异位在卵巢的子宫内膜异位症，常被误诊为附件炎。两者都在盆腔形压痛包块。子宫内膜异位症无急性感染，应详细询问痛经程度来鉴别。一般在卵巢子宫内膜异位症，输卵管通畅。采用输卵管通水试验可排除输卵管炎症。

第二点、与卵巢恶性肿瘤相鉴别。卵巢恶性肿不一定腹痛，为持续性，不像子宫内膜异位症周期性腹痛。检查时卵巢恶性肿表面凹凸不平，体积较大。子宫内膜异位症伴其他部位子宫内膜异位症，有该部位病变体征。对于年龄大的患者应剖腹探查。

第三点、与子宫肌瘤相鉴别。子宫肌瘤的症状类似于子宫内膜异位症。子宫内膜异位症痛经较重，多为继发性痛经。子宫胀大，如伴发其他部位的异位内膜时，有助于鉴别。当子宫腺肌病与子宫肌瘤同时存在时，术前的鉴别较难，须手术切除子宫病理检查。