1、 自身免疫反应：

子宫内膜异位症患者体内的B淋巴细胞能生成一种抗子宫内膜抗体，此抗体能干扰早期受精卵的输送和着床，而且腹腔内由于子宫内膜异位症的存在而导致大量的吞噬细胞聚集，吞噬精子和干扰受精卵细胞的分裂，最后造成女性不孕。

2、 黄体功能不足：

患者卵泡和黄体细胞上的LH受体数量比正常女性要明显的少，使得黄体期黄体分泌的激素不足而对受孕带来影响。

3、 未破裂卵泡黄素化综合征：

很多研究发现，子宫内膜异位症患者没有破裂卵泡黄素化的发病率比正常女性要明显的高，因此多出现不孕。不过，卵泡细胞黄素华，患者基础体温双相，子宫内膜分泌期改变，不过由于未排卵而没有受孕的可能。

4、 其他原因：

部分子宫内膜异位症患者有腹痛腹泻症，长时间腹泻能造成营养不良，也对卵巢的排卵功能带来影响。子宫内膜异位症患者在性交时会出现性交疼痛，影响患者的情绪，甚至抑制排卵。