经历不明原因的试管婴儿失败（反复移植失败），或者2次以上的流产的夫妻，并且不是子宫因素、传染病、基因等问题引起的，可能是由于免疫问题导致。研究表明，移植胚胎和母亲的免疫系统之间复杂的关系对成功受孕至关重要。引起流产或者重复生化妊娠的原因可能也会导致反复着床失败，一般发生在怀孕初期。在这些案例中，医生针对子宫、精子、传染病以及其可能的因素，还有遗传基因问题（如：人类染色体核型分析）做彻底的调查研究，并且也将努力找到发表任何免疫或凝血问题。

在正常妊娠中，母亲在子宫和胎盘中产生血凝的倾向被抑制，并且血液可以自由流向婴儿。然而有些妈妈会因为各种各样的遗传基因或者自身免疫问题产生一种情况叫做倾血栓形成症（过度凝血），这样的女性会被诊断为倾血栓形成症，并且根据她们的特殊缺陷，和正常人群相比会有8-40倍的高风险导致移植失败，流产，甚至有中风和心脏病发作。大多数案例中，这种情况可以使用血液稀释药物轻松处理。

母亲的身体使用化学信号（细胞因子）为免疫系统设置警报标准水平。在一些男性和女性中，炎症性细胞因子的水平像瘤坏死因子可能会非常高，这会导致降低卵子和精子的质量，更加排斥子宫。我们的策略是鉴别可能患有值得注意的全身的和/或者子宫炎症的患者，并且用适当的药物进行治疗以减少炎症，例如类固醇，非甾体抗炎药，脂肪乳剂， 白藜芦醇，高剂量鱼油。

在正常妊娠中，母亲的免疫系统细胞需要识别胚胎为外来细胞。这是第一步产生防护阻碍抗体保护胚胎防止母亲免疫系统的袭击。在一些女性身上，我们发现不能产生能够识别胚细胞的抗体。在实验室中，理论上，如果妈妈的血液不能产生这些细胞的抗体，我们用来自于男性伴侣的白血细胞代替胚细胞，她更有可能缺乏能够捆绑（和允许识别）由遗传物质（封闭抗体检测）产生胚细胞的抗体。这些案例中体现出一个低的LAD与反复流产有关，一项称之为淋巴细胞接种疗法（LIT）会有帮助。当男性和女性伴侣有着非常相似的细胞表面制造者如DQalpha时，同种免疫问题可能会相当严重。